XX a. pradžioje vyksta kelių reikšmingų kultūros paveldo objektų restauravimo darbai (restauruojama Vilniaus šv. Onos, Šv. Mykolo bažnyčios), Lietuvos mokslo draugijai pavyksta išgelbėti Vilniaus aukštutinės pilies bokštą nuo vandentiekio rezervuaro statybos, tačiau sisteminga kultūros paveldo objektų apsauga prasideda tik Lietuvai atgavus nepriklausomybę – 1919 m. priimamas Valstybės archeologijos komisijos įstatymas, o komisijos pirmininku tampa Tadas Daugirdas. Ši komisija rūpinosi Pažaislio ir Zapyškio (Kauno r.) bažnyčių išsaugojimu, kaupė informaciją apie kilnojamąsias ir nekilnojamąsias kultūros vertybes, skatino saugoti archeologijos ir architektūros paminklus.
1936 m. priėmus Vytauto Didžiojo kultūros muziejaus įstatymą, buvo įsteigta Lietuvos paminklų konservatoriaus pareigybė. Pauliaus Galaunės iniciatyva šis muziejus ėmė vadovauti Lietuvos paveldo apsaugai. XX a. ketvirtajame dešimtmetyje buvo restauruojami tokie objektai kaip Kauno, Panemunės, Raudonės pilys.
1940 m. buvo priimtas Kultūros paminklų apsaugos įstatymas, įkurta Kultūros paminklų apsaugos įstaiga, kuri inventorizavo kultūros vertybes nacionalizuotuose dvaruose, perdavė jas muziejams, tačiau 1943 m. vokiečių valdžia nutraukė jos veiklą. Lenkijos okupuotame Vilniaus krašte nuo 1922 m. galiojo Lenkijos paveldosaugos sistema. Vilniaus kraštui buvo įsteigta Vyriausiojo paminklų konservatoriaus įstaiga. Svarbūs paveldotvarkos darbai vyko Vilniaus katedroje, Vilniaus universitete, įvairiose bažnyčiose, Vilniaus aukštutinėje bei Trakų pilyse.
1944 m. SSRS vėl okupavus Lietuvą vykdyta aktyvi kultūros paveldo naikinimo politika: naikinti ištisi kaimai ir jų kapinaitės, dvarų sodybos, uždarytos ir niokotos bažnyčios ir vienuolynai, griauti pakelės kryžiai ir koplytstulpiai.
1949 m. Lietuvos SSR Ministrų Taryba patvirtino Kultūros paminklų apsaugos nuostatus, o 1950 m. buvo įsteigta pirmoji Lietuvoje paminklotvarkos darbų organizacija – Mokslinė restauracinė gamybinė dirbtuvė (tais pačiais 1950-aisiais Kaune susprogdinta Laisvės statula, nuo Arkikatedros bazilikos Vilniuje nugriautos šventųjų skulptūros). Vėliau ši įstaiga tapo Respublikiniu kultūros paminklų restauravimo trestu ir Paminklų konservavimo institutu.
1961 m. buvo patvirtintas pirmasis respublikinės reikšmės architektūros paminklų sąrašas, o 1972 m. patvirtinti respublikinės ir vietinės reikšmės archeologijos, istorijos, architektūros, urbanistikos ir dailės paminklų sąrašai į kuriuos įtraukta beveik 10 000 objektų arba jų kompleksų.
1967 m. buvo priimtas naujas Kultūros paminklų apsaugos įstatymas. Tais pačiais metais įkurta Mokslinė metodinė kultūros paminklų apsaugos taryba, Vilniuje, Kaune ir Klaipėdoje įsteigtos paminklų inspekcijos, o nuo 1975 m. visi rajonai turėjo po paveldosaugos darbuotojo pareigybę.
Per šį laikotarpį pamažu buvo sukurta Lietuvos paveldosaugos institucinė sistema. Svarbiausiais atliktais paveldotvarkos darbais sovietmečiu laikomi Vilniaus universiteto su Šv. Jonų bažnyčios, Vilniaus šv. Petro ir Povilo, Šv. Kazimiero, Šv. Onos bažnyčios, Pažaislio ansamblio, Kretingos ir Tytuvėnų vienuolynų tvarkymas. Taip pat Trakų pilies, Vilniaus žemutinės pilies arsenalo, Biržų, Kauno, Raudondvario, Raudonės ir Panemunės pilių tvarkyba. Buvo restauruoti Palangos dvaro rūmai, Verkių dvaro rūmai, kai kurie pastatai Pakruojo, Rokiškio, Taujėnų, Astravo ir kitų dvarų sodybose, reprezentaciniai rūmai (dabar Prezidentūra) Vilniuje. Pradėti piliakalnių konservavimo ir stiprinimo darbai, tvarkytos memorialinės sodybos.
1990 m. LR Aukščiausioji Taryba – Atkuriamasis Seimas priėmė Kultūros paveldo apsaugos inspekcijos laikinąjį įstatymą, prie Seimo buvo įsteigta Kultūros paveldo apsaugos inspekcija, o prie LR Vyriausybės – Paminklotvarkos departamentas, decentralizuotas Kultūros paminklų restauravimo trestas. 1994 m. buvo priimtas Nekilnojamųjų kultūros vertybių apsaugos įstatymas, o 1996 m. – Kilnojamųjų kultūros vertybių apsaugos įstatymas. 1994 m. Lietuvos Respublikos kultūros paveldo inspekcija ir Paminklotvarkos departamentas buvo reorganizuoti, įsteigtas Kultūros vertybių apsaugos departamentas (nuo 2005 m. – Kultūros paveldo departamentas). Tuo metu veikiančios Kultūros paveldo inspekcijos apygardos reorganizuotos į Kultūros paveldo departamento teritorinius skyrius. 2023 m. įvykdžius reorganizaciją Kultūros paveldo departamentas perėmė dalį Kultūros paveldo centro funkcijų (taikomųjų mokslinių tyrimų organizavimas, tyrimų, reikalingų nekilnojamojo kultūros paveldo vertingųjų savybių atskleidimui, istorinių tyrimų, susijusių su kultūros paveldu, organizavimas).
Parengta pagal dr. Jono Glemžos tekstą „Paveldosaugos raida Lietuvoje“.
Institucijos vadovai:
J. Glemža 1994 - 1997
N. Puteikis 1997
D. Varnaitė 1997-2005
A. Kuncevičius – 2005-2008
D. Varnaitė 2008-2018
V. Bezaras 2018-iki dabar